Programy operacyjne to dokumenty, które precyzują, jakie przedsięwzięcia w Polsce będą współfinansowane z funduszy strukturalnych. Najbardziej szczegółowe informacje znajduję się w uzupełnieniach programów. Przygotowanie wniosku o dofinansowanie, realizacja i zarządzanie projektem wymaga dobrej znajomości obu dokumentów.

W latach 2004 – 2006 w Polsce funkcjonowało siedem programów operacyjnych: 

- Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego (ZPORR)
- Sektorowy Program Operacyjny Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw (SPO WKP)
- Sektorowy Program Operacyjny Rozwój Zasobów Ludzkich (SPO RZL)
- Sektorowy Program Operacyjny Transport (SPO T)
- Sektorowy Program Operacyjny Restrukturyzacja i Modernizacja Sektora Żywnościowego oraz Rozwój Obszarów Wiejskich (SPO ROL)
- Sektorowy Program Operacyjny Rybołówstwo i Przetwórstwo Ryb (SPO RYBY)
- Program Operacyjny Pomoc Techniczna (PO PT)